实验室根据五个研究方向，相应设置五个研究所：
（1）水文水资源研究所：学术带头人熊立华，所长刘攀，副所长陈杰、程磊；
（2）农业水利研究所：学术带头人黄介生、邵东国，所长史良胜，副所长钟华；
（3）河流湖泊研究所：学术带头人曹志先、槐文信，所长夏军强，副所长孙昭华、曾玉红；
（4）水工结构研究所：学术带头人卢文波、李典庆，所长周伟，副所长陈益峰；
（5）水电站安全研究所：学术带头人伍鹤皋，所长钱忠东，副所长程永光。
