实验室根据五个研究方向,相应设置五个研究所:
(1)水文水资源研究所:学术带头人熊立华,所长刘攀,副所长陈杰、程磊;
(2)农业水利研究所:学术带头人黄介生、邵东国,所长史良胜,副所长钟华;
(3)河流湖泊研究所:学术带头人曹志先、槐文信,所长夏军强,副所长孙昭华、曾玉红;
(4)水工结构研究所:学术带头人卢文波、李典庆,所长周伟,副所长陈益峰;
(5)水电站安全研究所:学术带头人伍鹤皋,所长钱忠东,副所长程永光。