国家自然科学基金、国家“973”项目等是我国基础研究领域的主要资助来源，也是反映一个单位学术水平和研究能力的重要指标。为了加强实验室的基础研究工作，提升科研层次，增强核心竞争力，巩固实验室在国内的学术研究地位， 2005年底实验室制定了《关于鼓励申报国家自然科学基金等国家级基础研究项目的暂行办法》。暂行办法规定：对提交国家基础研究项目申请书的人员，在年终考核时记考核工作量；各类国家级基础研究项目的经费考核分值按横向科研项目的两倍计算；在专业技术职务聘任时优先聘用获得国家级基础研究项目的人员；承担申报国家级基础研究项目的评审费用；新增博士生导师必须主持过国家级基础研究项目。

这一政策极大地调动了研究人员申报国家级基础研究项目的积极性，取得了明显成效。2006年新承担国家“973”项目课题2项，国家自然科学基金共17项，其中重点项目1项、青年项目5项、雅砻江联合基金专项1项、其他面上基金10项，累计合同经费近1000万元。